Particularités génomiques et adaptations spécifiques des espèces bactériennes : cas d'Agrobacterium fabrum
Résumé
Des groupes de souches distincts et génomiquement cohérents structurent la diversité bactérienne de manière discontinue permettant de caractériser des clades à partir desquels sont définis les espèces et les genres. L'existence de ces groupes très bien délimités résulte vraisemblablement de leurs adaptations à des niches écologiques spécifiques qui les isoleraient des espèces apparentées. Afin de tester cette hypothèse, les particularités génomiques "spécifiques" de l'une des espèces génomiques du complexe d'espèces Agrobacterium tumefaciens ont été recherchées afin d'en caractériser les adaptations écologiques "spécifiques". Sept régions de gènes "spécifiques" ont ainsi été mises en évidence chez A. fabrum (le nouveau nom du génomovar 08 d' A. tumefaciens dont la souche-type est C58). Par une approche d'écologie inverse, la caractérisation de ces régions génomiques a ensuite été entreprise afin de découvrir les adaptations écologiques spécifiques associées. Ceci a permis de mettre en évidence des phénotypes "spécifiques" d' A.fabrum parmis lesquelles nous avons plus particulièrement étudié l'aptitude à dégrader des composés phénoliques tels que l'acide férulique ou l'acide coumarique. Cette adaptation permettrait à A. fabrum de détoxiquer des molécules majoritairement retrouvées dans les parois des cellules végétales et à les utiliser en outre comme source de carbone. La dégradation spécifique de ce type de composé végétal toxique semble bien être une des composantes de la niche spécifique de cette espèce lui permettant de concurrencer les autres espèces d'A. tumefaciens lors de la colonisation des racines de certaines plantes.