Histoire évolutive des céréales et composition de la communauté bactérienne rhizosphérique
Résumé
Le développement et la croissance des plantes sont fortement influencés par les symbioses mutualistes ou associatives avec des bactéries du sol. Parmi elles, les symbioses associatives (coopérations) restent mal connues, car elles impliquent une grande diversité de taxons bactériens et de propriétés phytobénéfiques. Notre objectif est de comprendre, par des approches génomiques, la distribution et l'évolution des gènes codant des propriétés phytobénéfiques chez les Proteobactéries en symbiose associative avec la plante. Vingt de ces gènes parmi les plus emblématiques ont été recherchés dans les génomes séquencés de bactéries symbiotiques associatives, mais aussi de bactéries mutualistes ou parasites de plantes (BLAST). La majorité des gènes étudiés présente une distribution dépendante de la phylogénie, comme par exemple ph/D (synthèse de 2,4- diacétylphloroglucinol) chez les Pseudomonadaceae, le type d'interaction biotique étant d'importance moindre. Néanmoins, certains gènes sont davantage ubiquistes, comme acdS (désamination de l'l-aminocyclopropane-1- carboxylate) et pqqABCD (production de pyrroloquinoline). Une approche couplant génomique comparative et analyse phylogénétique est en cours pour estimer les transferts horizontaux, que nous avons mis en évidence dans le cas d' hcnB (synthèse d'acide cyanhydrique) et de ses orthologues putatifs. Ces résultats illustrent l'intérêt des approches de génomique pour mieux comprendre la diversité et l'évolution des bactéries favorisant la croissance des plantes