RNA extraction from decaying wood for (meta)transcriptomic analyses

Abstract : La décomposition du bois est une étape clé du cycle terrestre du carbone et elle revêt une importance économique. Il s'agit essentiellement d'un processus microbien réalisé par les champignons et de façon plus incertaine, par les bactéries. Pour accéder aux gènes exprimés par les communautés microbiennes participant à la dégradation du bois, nous avons développé un protocole d'extraction d'ARN à partir de ce matériel récalcitrant, riche en polysaccharides et en composés phénoliques. Ce protocole a été mis en oeuvre sur 22 échantillons de bois représentant autant d'espèces d'arbres Angiospermes ou Gymnospermes. L'ARN a été extrait avec succès de tous les échantillons et converti en ADNc à partir duquel ont été amplifiés aussi bien des gènes fongiques que bactériens, dont des gènes codant des enzymes hydrolytiques participant à l'hydrolyse de la lignocellulose. Ce protocole applicable à une grande diversité de bois en décomposition représente une première étape vers une analyse métatranscriptomique de la dégradation du bois en conditions naturelles.